[table]

یار دیرین حضرت امام و رهبر انقلاب، عصر روز چهار‌شنبه 14 خرداد پس از شرکت در مراسم بیست و پنجمین سالگرد ارتحال حضرت امام خمینی(ره)، در منزل خود دچار حمله قلبی شده و پس از انتقال به بیمارستان به کُما رفت و پس از چهار ماه و نیم بالاخره به ملکوت اعلی پرواز کرد و جسم پاکش در جوار سید الکریم آرامش یافت.,

[/table]

مقام معظم رهبری در پیام تسلیت خود چنین نگاشتند:

" با تأسف و تأثر اطلاع یافتیم که عالم مجاهد و پارسا حضرت آیت الله آقای حاج شیخ محمّد رضا مهدوی‌کنی رضوان الله علیه دار فانی را وداع گفته و دوستان و ارادتمندان خود را داغدار کرده است. این عالم بزرگوار از جمله‌ی نخستین مبارزان راه دشوار انقلاب و از چهره‌های اثرگذار و یاران صمیمی نظام جمهوری اسلامی و از وفاداران غیور و صادق امام بزرگوار بود و در همه‌ی عرصه‌های مهم کشور در دوران انقلاب شجاعانه و با صراحت تمام نقش‌آفرینی کرد. از عضویت در شورای انقلاب و سپس تشکیل کمیته‌های انقلاب در آغاز تأسیس نظام اسلامی تا تصدی وزارت کشور و سپس قبول نخست وزیری در یکی از سخت‌ترین دورانهای جمهوری اسلامی، و تا ورود در عرصه‌ی تولید علم و تربیت جوانان صالح و تأسیس دانشگاه امام صادق(ع) و تا امامت جمعه تهران و سرانجام ریاست مجلس خبرگان، همه جا و همه وقت در موضع یک عالم دینی و یک سیاستمدار صادق و یک انقلابی صریح ظاهر شد و هرگز ملاحظات شخصی و انگیزه‌های جناحی و قبیله‌ئی را به حیطه‌ی فعالیتهای گسترده و اثرگذار خود راه نداد.

این انسان بزرگ و پرهیزگار، همه‌ی وزن وزین خود را در همه‌ی حوادث این دهها سال در کفه‌ی حق و حقیقت نهاد و در دفاع از راه و سیره‌ی انقلاب و نظام، کوتاهی نورزید. رحمت و رضوان الهی بر روان پاک او باد.

اینجانب به خاندان گرامی و برادر عالیقدر ایشان، و به مردم ایران و روحانیت عظیم الشأن و همه‌ی ارادتمندان و شاگردان و دست‌پروردگان آن مرحوم صمیمانه تسلیت میگویم و علوّ درجات وی را از خداوند متعال مسألت مینمایم."

رفتی ز میـان خلق بر تـو صَلـَوات               انـدوه تـو در دل ست مـرد بَـرَکـات

ای مـرد بـزرگ؛ «آیـت الله کـنـی»               روحت به شُکوه پَر زند در عَرَصات