امام محمد باقر (ع) در روز جمعه یا دوشنبه اول ماه رجب یا سوم ماه صفر سال 57 هجری یا به روایتی دیگر سال 56 هجری، در مدینه به دنیا آمد و در روز دوشنبه هفتم ذی حجه سال 114 هجری، در همان شهر بدرود حیات گفت. بنابراین، آن حضرت 57 سال در این جهان زیست. از این مدت چهار سال با جدش امام حسین (ع) و پس از وی 35 سال با پدرش زندگی کرد و هیجده سال بقیه عمرش را به تنهایی به سر برد. بنابر روایتی که در کافی از قول امام صادق (ع) نقل شده است، وی 19 سال و دو ماه بیش از پدرش زیسته است و در همین دوران، مامت شیعیان را عهده دار بوده است. امام باقر (ع) در مدت امامت خود چند صباحی از خلافت ولید بن عبد الملک و نیز خلافت سلیمان بن عبد الملک و عمر بن عبد العزیز و یزید بن عبد الملک را درک کرد و سرانجام در روزگار خلافت هشام بن عبد الملک وفات یافت. در قبرستان بقیع و در کنار آرامگاه علی بن حسین(ع) پدرش، و حسن بن علی (ع)عموی بزرگوارش، به خاک سپرده شده است.
مادر آن حضرت، فاطمه دختر حسن بن علی (ع) بود که با کنیه ام عبد الله و بنابر قول دیگر، ام الحسن خوانده شده است. بنابراین امام باقر (ع) از سلاله پدر و مادری هاشمی علوی و فاطمی به شمار می آید. بدین جهت او نخستین کسی است که از نسل امام حسن (ع) و امام حسین (ع) به دنیا آمده است.
آن حضرت القاب بسیاری داشت که از آن میان لقب «باقر یا باقر العلم »از همه مشهورتر است. آن حضرت را بدین لقب می خواندند زیرا علوم را می شکافت و باز می کرد. در صحاح آمده است: «تبقر، یعنی توسع در علم ». و در قاموس گفته شده است: محمد بن علی بن حسین را باقر می خواندند چون در علم تبحر داشت. در لسان العرب نیز ذکر شده است: آن حضرت را باقر می خواندند چرا که علم را می شکافت و به اصل آن پی می برد و فروع علم را از آن استنباط می کرد و دامنه علوم را می شکافت و وسعت می داد. ابن حجر در صواعق می نویسد: «او را باقر می خواندند و این کلمه از«بقر الارض »اخذ شده است، یعنی آنکه زمین را می شکافد و مکنونات آن را آشکار می کند. زیرا او نیز گنجینه های نهانی معارف و حقایق احکام و حکمتها و لطایف را که جز از دید کوته نظران و ناپاکان پنهان نبود، آشکار می کرد. »از این رو درباره وی گفته می شد که آن حضرت شکافنده علم و جامع آن و نیز آشکار کننده و بالا برنده علم و دانش است. در تذکرة الخواص نیز آمده است: او را باقر لقب داده بودند زیرا در اثر سجده های فراوان، پیشانی اش شکاف برداشته بود. برخی هم گویند چون آن حضرت از دانش بسیار برخوردار بود او را باقر می خواندند. شیخ صدوق در علل الشرایع به نقل از عمرو بن شمر آورده است: از حابر جعفی پرسیدم چرا به امام پنجم، باقر می گفتند؟گفت: «چون علم را می شکافت و اسرار آن را آشکار می کرد». در مناقب ابن شهر آشوب نوشته شده است: گفته اند برای هیچ یک از فرزندان حسن و حسین (ع) این اندازه از علوم، از قبیل تفسیر و کلام و فتوا و احکام و حلال و حرام فراهم نشد که برای امام باقر (ع) . محمد بن مسلم نقل کرده است که از آن حضرت سی هزار حدیث پرسش کردم.
اخلاق و فضایل امام محمد باقر (ع)
امامان معصوم، نسخه عملی آیات نورانی قرآن مجید هستند. همه آنچه از اخلاق و فضایل و ویژگی های انسان کامل است در وجود آنان در حد اعلی موج می زند. یکی از بارزترین ویژگیهای امام جامعیت اوست . همه ی فضایل و ویژگی های انسان کامل در وجود امام محمد باقر (ع) متبلور بود. مرجعیت علمی و پاسخگویی به پرسشهای مردم، عبادت و تهجد و شب زنده داری، کار و تلاش در اوج زهد و تقوا، حضور سازنده و مؤثر در جامعه، شکیبایی و بردباری در روابط اجتماعی، رسیدگی به محرومان، صمیمیت و محبت با دوستان، محبت و عاطفه نسبت به خانواده، رعایت حقوق و نیازهای روحی همسران، عدم تحمیل ایده‏های خویش بر همسران، رعایت جمال و زی شرافتمندانه، اهتمام به حقوق مالی مردم و....تنها پاره ای از ویژگی های امام محمد باقر (ع) است.
دانش همه ی امامان معصوم (ع) یکسان و همگی از سر چشمه‏ی وحی سیراب می شوند. آنان آموزگاری نداشتند و در مکتب بشری درس نخوانده بودند.
دانش امام باقر (ع) نیز همانند دیگر امامان از سر چشمه‏ی وحی بود اما زمینه مراجعات وسیع دانش پ‍ژوهان و ابراز علم برای حضرت و فرزند گرامی شان امام جعفر صادق(ع) فراهم گشت.
تشکیل حلقه های درسی سنگین، احتجاجات، مناظرات و مباحثات امام محمد باقر (ع) با دانشمندان و مدعیان یکه تازی در میدان علم، همگان را به تواضع در پیشگاه علم آنحضرت وادار کرد.
«عبد الله بن عطاء مکی‏» می‏گفت: هرگز دانشمندان را نزد کسی چنان حقیر و کوچک نیافتم که نزد امام باقر (ع) یافتم. «حکم بن عتیبه‏»که در چشم مردمان جایگاه علمی والایی داشت در پیشگاه امام باقر چونان کودکی در برابر آموزگار بود.
شخصیت آسمانی و شکوه علمی امام باقر (ع) چنان خیره کننده بود که‏ «جابر بن یزید جعفی‏»به هنگام روایت از آن گرامی می‏گفت: «وصی اوصیاء و وارث علوم انبیاء محمد بن علی بن الحسین مرا چنین روایت کرد...».
شخصیت امام محمد باقر (ع) و نقش آن حضرت در نشر معارف نورانی اسلام با توجه به شرایط مساعد زمان ایشان همواره مورد نظر پیامبر اسلام (ص) و ائمه معصومین (ع) بوده است گویا همه این بزرگواران به عنوان پدران امت اسلامی انتظار زمان امام محمد باقر (ع) را می کشیدند تا آن حضرت با نهضت علمی خود جامعه اسلامی را از فقر فرهنگی مهلک برهاند.
رسول خدا(ص) به جابر فرمود: «امید آن‏است که عمر طولانی کنی تا فرزندی از من را که از نسل حسین(ع) است و محمد نام دارد، ببینی که علم دین را می‏شکافد و تشریح‏ می‏کند. وقتی او را ملاقات کردی، سلامم را به وی برسان. »